Ở kỳ trước, chúng ta đã hiểu vì sao nhiều tổ chức phi lợi nhuận chọn cách tiếp nhận viện trợ thông qua hợp đồng dịch vụ nghiên cứu khoa học – công nghệ với nhà tài trợ, đồng nghĩa với việc phải chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).
Với cách này thì các nhà tài trợ đang trả thuế GTGT theo một trong hai phương pháp khác nhau, gồm phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp.
Dù theo phương pháp nào thì các tổ chức phi lợi nhuận cũng cần lựa chọn một trong ba chế độ kế toán đề cập ở kỳ 2. Một số tổ chức khoa học – công nghệ buộc phải lựa chọn chế độ kế toán doanh nghiệp. Do đó, các tổ chức này phải đăng ký xuất hoá đơn và kê khai thuế GTGT cùng với một số nghiệp vụ kế toán, tài chính khác. Các tổ chức này cũng cần đăng ký phương pháp tính thuế với chính quyền.
Dù theo phương pháp nào thì việc đăng ký và xuất hóa đơn GTGT đối với các khoản viện trợ là lựa chọn bất đắc dĩ của các tổ chức phi lợi nhuận. Nó cũng là sự chấp nhận miễn cưỡng của một số nhà tài trợ.
Vì lúc này, các tổ chức phi lợi nhuận trở thành bên “bán” dịch vụ. Nhà tài trợ là bên “mua” dịch vụ mà trên thực tế họ không phải là người mua. Họ là nhà tài trợ và chấp nhận trả thêm tiền để được tài trợ.
Nếu không áp dụng một trong ba chế độ kế toán và/hoặc không đăng ký thuế GTGT và thuế TNDN, nhà nước sẽ đánh thuế chồng lên thuế GTGT và thuế TNDN đối với các khoản viện trợ. Chưa kể, nhà nước lại phạt tù và phạt tiền đối với lãnh đạo các tổ chức sử dụng tiền viện trợ nước ngoài cho mục đích nhân đạo tại Việt Nam.
